Pegasus Airlines được thành lập ngày 1.12.1989 bởi hãng hàng không Aer Lingus của Ireland và bắt đầu hoạt động từ ngày 15.4.1990. Năm 1994 hãng "Yapi Kredi" (Yapi ve Kredi Bankasi A.S.) mua lại của Aer Lingus. Ngày nay Pegasus Airlines do hãng "Esas Holding" sở hữu 85% và hãng "Silkar Holding A.S" sở hữu 15%